Δώδεκα ομάδες, κυπελλούχοι των Ενώσεων, δεν δήλωσαν συμμετοχή στο νέο Κύπελλο Ελλάδας.
Αναλυτικά είναι οι:
ΕΠΣ Χαλκιδικής (ΠΟ Καλλικράτειας)
ΕΠΣ Γρεβενών (Πυρσός Γρεβενών)
ΕΠΣ Τρικάλων (Διγενής Νεοχωρίου)
ΕΠΣ Ηπείρου (Θρίαμβος Σερβιανών)
ΕΠΣ Κέρκυρας (ΟΦ Άγιος Ματθαίος)
ΕΠΣ Ευρυτανίας (ΑΠΟΚ Βελούχι)
ΕΠΣ Αιτωλοακαρνανίας (Νέος Αμφίλοχος)
ΕΠΣ Πειραιά (ΑΟ Καραβάς)
ΕΠΣ Ηλείας (Αστέρας Αμαλιάδας)
ΕΠΣ Ζακύνθου (ΑΟ Τσιλιβή)
ΕΠΣ Λακωνίας (Ολυμπιακός Γυθείου)
ΕΠΣ Αρκαδίας (Παναρκαδικός)